PythonのディストリビューションであるAnacondaにバンドルされている、ドキュメンテーションのサポートツールです。もともとは、Pythonのドキュメンテーションツールとして開発されたようですが、Rでも使えるように拡張されました。
RStudioのknitrと同様に、マークダウン表記を用いて文章を書き、pandocを用いてpdfやtexへの変換が出来るようになっています。
knitrとJupyterNotebookの違いは、knitrがマークダウン表記した文書の間にchunkというRのコマンドを記述する領域を確保するのに対し、JNの方はセルという範囲をいくつも並べて、それぞれのセルに文書を記載するかコマンドを記載するかを選択指定するようになっている点でしょう。
JNのほうではRISEというプレゼンテーション用のモジュールを追加でインストールすることで、セル単位でプレゼンテーションのスライドが作成できます。もちろんRStudioにもRPresentationというモジュールがあって、プレゼン作成が可能です。