初期設定の変更点

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!Rの初期設定

Rを起動すると、プロファイル(.Rprofile)と環境変数(.Renviron)が読み込まれる。
それぞれの役割は次の通り。

:.Rprofile:
R起動時のバッチファイルと考えれば良い。例えば、起動するたびにパッケージの更新を確認するような手間を省くために、このファイルの中に、update.packages()を書いておくとよい。

*options() message()の設定
*CRANのミラーサイトresposの設定
*

:.Renviron:
Rの環境設定変数が保存される。具体的には
*Rのパッケージライブラリの保存ディレクトリ
*プログラムに直接記入してはならないAPIキーの保存
*

!初期設定ファイルの保存場所

初期設定ファイルは起動時に一度だけ読み込まれるが、同一名のファイルが複数のディレクトリに保存されている場合、優先順位がある。

:R_HOME: Rのシステムがインストールされているディレクトリ（R.home()で表示される。）のサブフォルダetc
:HOME: ユーザのホームディレクトリ(Linux: /home/username  Windows: c:\Users\username
:作業ディレクトリ: getwd()で得られるディレクトリ

下ほど優先順位が高い。すなわち、作業ディレクトリに初期設定ファイルがあればそれを優先し、他は無視する。

!ファイルの作成方法

:プロジェクト固有の起動スクリプトを用意したい場合:
 file.edit('.Rprofile')
 ※ホームディレクトリの.Rprofileは割愛される

:固有ディレクトリかHOMEディレクトリかの違い:

 file.edit(file.path("~", ".Rprofile")) # edit .Rprofile in HOME
 file.edit(".Rprofile") # edit project specific .Rprofile
 file.edit(file.path("~", ".Rprofile")) # HOMEディレクトリの .Rprofile を編集する
 file.edit(".Rprofile") # プロジェクト固有の .Rprofile を編集する

:.Renvironも同様の振る舞いをする:

APIキーなどをプロジェクトをまたがって利用したい場合、以下のようにする。
The following code will create a user specific .Renviron file (where API keys and other cross-project environment variables can be stored), without overwriting any existing file.

 user_renviron = path.expand(file.path("~", ".Renviron"))
 if(!file.exists(user_renviron)) # check to see if the file already exists
 if(!file.exists(user_renviron)) # 既存のファイルがあるかチェック
   file.create(user_renviron)
 file.edit(user_renviron) # open with another text editor if this fails
 file.edit(user_renviron) # テキストエディタで開くことも可能
!参考

* https://csgillespie.github.io/efficientR/r-startup.html